RNA親和純化測序（RAP-seq）

技術(shù)簡介

蛋白質(zhì)和RNA是具有緊密關(guān)系的生物分子，能夠通過物理相互作用參與完成細(xì)胞的周期并調(diào)控細(xì)胞的生物學(xué)過程。如果干擾了它們的正常相互作用，將會導(dǎo)致細(xì)胞功能障礙和疾病發(fā)生。因此，研究RNA與蛋白質(zhì)的相互作用對于理解細(xì)胞內(nèi)分子機(jī)制和相關(guān)疾病的發(fā)病機(jī)理具有重要意義。

以蛋白質(zhì)為中心鑒定與蛋白質(zhì)結(jié)合的RNA，傳統(tǒng)的方法是使用特異性抗體進(jìn)行免疫共沉淀，鑒定出與蛋白質(zhì)結(jié)合的RNA，比如RNA immunoprecipitations（RIP）、Cross-linking and immunoprecipitation（CLIP）。然而，這些傳統(tǒng)技術(shù)的應(yīng)用受限于高質(zhì)量的抗體，但是有些蛋白無法獲得高質(zhì)量的特異性抗體。如果使用標(biāo)簽抗體就需要對驗材料進(jìn)行遺傳轉(zhuǎn)化獲得穩(wěn)定的轉(zhuǎn)化材料，并且無法同時對多個RNA結(jié)合蛋白（RNA Binding Protein，RBP）結(jié)合的RNA進(jìn)行高通量篩選和鑒定，這就限制了RIP和CLIP更廣泛的應(yīng)用。

藍(lán)景科信推出一種全新的鑒定與蛋白結(jié)合的RNA技術(shù)平臺：RNA親和純化測序技術(shù)（RNA Affinity Purification Sequencing, RAP-seq）。該技術(shù)是通過體外蛋白表達(dá)技術(shù)，表達(dá)出帶有標(biāo)簽的RNA結(jié)合蛋白，然后與RNA在體外進(jìn)行孵育和結(jié)合，再分離出與目的RBP結(jié)合的RNA，進(jìn)行建庫與高通量測序，通過生物信息學(xué)分析，可以鑒定出蛋白質(zhì)結(jié)合的mRNA、lncRNA等與細(xì)胞命運緊密相關(guān)的重要RNA。

RNA親和純化測序（RAP-seq）作為一種新興的技術(shù)，不需要針對每個蛋白制備特異性抗體，也無需制備遺傳轉(zhuǎn)化材料，突破了物種的限制，為我們提供了一種有力的手段來探究基因與RNA之間的相互作用，以及這些相互作用如何影響基因的表達(dá)和生物學(xué)功能。高效助力RNA結(jié)合蛋白（RBP）調(diào)控機(jī)制研究。

服務(wù)流程

項目文章（一）

文章標(biāo)題：Populus euphratica GRP2 Interacts with Target mRNAs to Negatively Regulate Salt Tolerance by Interfering with Photosynthesis, Na+, and ROS Homeostasis

期刊：International Journal of Molecular Sciences

影響因子：4.9

研究使用RNA親和純化測序（RAP-seq）技術(shù)鑒定及揭示了胡楊富含Gly的RNA結(jié)合蛋白PeGRP2與靶向mRNAs相互作用通過影響光合作用、Na+和ROS穩(wěn)態(tài)負(fù)調(diào)控灰楊耐鹽性的機(jī)制。

項目文章（二）

文章標(biāo)題：Rare variations within the serine/arginine-rich splicing factor PtoRSZ21 modulate stomatal size to determine drought tolerance in Populus

期刊：New Phytologist

影響因子：8.3

通過RNA親和純化測序（RAP-seq）技術(shù)鑒定了與PtoRSZ21直接相互作用的mRNA分子，進(jìn)而揭示了這一基因如何通過調(diào)節(jié)氣孔大小來增強(qiáng)楊樹的抗旱能力。研究結(jié)果顯示，PtoRSZ21調(diào)控了一系列與氣孔發(fā)育相關(guān)的基因，從而影響了楊樹的水分利用效率和對干旱的耐受度。進(jìn)一步闡明了PtoRSZ21在調(diào)控特定基因的可變剪接過程中的具體機(jī)制。