Ribo-seq

技術(shù)原理

蛋白質(zhì)是生命活動的主要承擔(dān)者，翻譯調(diào)控又是細(xì)胞內(nèi)重要的調(diào)控方式。翻譯是核糖體讀取mRNA模板來指導(dǎo)蛋白質(zhì)合成的過程，是基因表達(dá)的關(guān)鍵步驟。翻譯的過程受到嚴(yán)格的調(diào)控，很多疾病與翻譯異常相關(guān)，比如神經(jīng)退行性疾病、貧血癥和發(fā)育障礙等。雖然核糖體的結(jié)構(gòu)與功能研究的比較透徹，但是對于翻譯過程的調(diào)控機(jī)理還需要深入研究。

核糖體印跡測序(Ribosome profiling, Ribo-seq)，能夠詳細(xì)檢測體內(nèi)的翻譯狀態(tài)。Ribo-seq的技術(shù)核心是識別與核糖體結(jié)合的mRNA以及正在被翻譯的約30個核苷酸。對核糖體結(jié)合的mRNA片段進(jìn)行測序，能夠精確記錄核糖體在翻譯過程中的位置。將轉(zhuǎn)錄組與Ribo-seq數(shù)據(jù)聯(lián)合分析，可以計算出蛋白質(zhì)的合成速率。

技術(shù)特點

Ribo-seq能夠揭示蛋白合成的時間、地點、位置、哪些蛋白質(zhì)正在被合成以及蛋白質(zhì)合成的調(diào)控機(jī)制。Ribo-seq搭建了從轉(zhuǎn)錄組學(xué)到蛋白質(zhì)組學(xué)之間的橋梁，已經(jīng)廣泛應(yīng)用在動物、植物和微生物的研究中，用于揭示生長發(fā)育、形態(tài)建成、疾病發(fā)生、逆境脅迫響應(yīng)的調(diào)控機(jī)制。

應(yīng)用方向

Ribo-seq應(yīng)用于研究轉(zhuǎn)錄本的翻譯活性、鑒定翻譯起始位點、ORF位置和蛋白質(zhì)的翻譯調(diào)控機(jī)制。

Ribo-seq技術(shù)已經(jīng)廣泛應(yīng)用在動物、植物和微生物的研究中，用于揭示生長發(fā)育、形態(tài)建成、疾病發(fā)生、逆境脅迫響應(yīng)的調(diào)控機(jī)制。總之，Ribo-seq能從基因組水平檢測蛋白質(zhì)的翻譯狀況，獲得正在翻譯的mRNA序列信息并解析翻譯調(diào)控機(jī)制。

藍(lán)景科信優(yōu)勢

實驗周期快、質(zhì)量高、結(jié)果穩(wěn)定可靠。

豐富的物種經(jīng)驗。

實驗流程

分析內(nèi)容

標(biāo)準(zhǔn)生信分析

（1）原始數(shù)據(jù)過濾與測序質(zhì)量評估

（2）比對去除核糖體RNA、tRNA、sRNA等

（3）Reads長度分布統(tǒng)計與長度過濾

（4）比對參考基因組

（5）測序飽和度分析

（6）RF在基因組上的分布統(tǒng)計與分類

（7）三堿基節(jié)律分析

（8）翻譯基因統(tǒng)計與表達(dá)量分析

（9）樣本關(guān)系分析

（10）組間差異翻譯基因分析

（11）差異翻譯基因的GO和KEGG功能富集分析

Ribo-seq與RNA-seq的聯(lián)合分析

（1）翻譯效率計算

（2）翻譯效率與轉(zhuǎn)錄水平的關(guān)系分析

（3）翻譯效率與轉(zhuǎn)錄水平的關(guān)聯(lián)分析

分析流程

實驗案例

送樣要求

（1）細(xì)胞樣本：建議送樣量5×106-1×107個。

（2）動物組織樣本：建議送樣量≥300 mg。

（3）植物組織樣本：建議送樣量≥500 mg。

樣本分組

至少2組樣品，包括對照組和實驗組，樣本數(shù)建議：3 Vs 3。

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